Vargas, que es internacional con su selección, ha sido titular en el Boca Júniors, en el que ha estado desde la temporada 2003 a la actual, si bien en la 2006-07 estuvo en calidad de cedido en el Internacional de Porto Alegre, con el que ganó el Campeonato del Mundo de Clubes.

Como jugador del Boca, logró dos Copas Sudamericanas (2004 y 2005) y dos Recopas Sudamericanas (2005 y 2008), además del títulos de Liga.

La presencia en Almería del centrocampista colombiano está anunciada para el comienzo de la pretemporada del cuadro andaluz, el 14 de julio.